Molekularbiologische Datenbanken
Professor Ulf Leser
Molekularbiologische Forschung ist undenkbar geworden ohne den Einsatz von Datenbanken zur Datenspeicherung und zum Datenretrieval. Datenbanken wie Genbank, Swiss-Prot oder OMIM wachsen mit exponentieller Rate und werden täglich von tausenden Forschern in ihrer täglichen Arbeit verwendet. Die Vorlesung stellt die wichtigsten molekularbiologischen Datenbanken jeweils zusammen mit den zugrundeliegenden experimentellen Techniken und den Verwendungszwecken vor. Besprochen werden unterschiedliche Aspekte wie Datenqualität, Datenmodell, Zugriffsmethoden, Versionierungsverfahren, etc. Zusätzlich werden Spezialthemen wie Non-Standard Datenbanken, Data Cleansing und Integration biologischer Daten erläutert.
Voraussetzungen
Voraussetzung für den Besuch sind Kenntnisse in relationalen
Datenbanken (z.B. durch
DBS-I) sowie Grundkenntnisse in der Bioinformatik (z.B. durch
Bioinformatik I).
Übung
Die Vorlesung wird durch eine Übung
begleitet. Die Teilnahmme an der Übung ist nicht Voraussetzung zur
Prüfung. Die Anzahl der Teilnehmern an der Übung ist auf 18
Studenten/innen begrenzt. Die Anmeldung zur Übung erfolgt über Goya ab dem 09.04.2003,
05:00 Uhr.
Prüfungen
Die Spezialvorlesung kann mit den folgenden Veranstaltungen zu einem
Halbkurs kombiniert werden:
- VL Data Warehousing, SoSe 2003, 2 SWS (Leser)
- VL Bioinformatik I, WS 2002 / 2003, 2 SWS (Freytag)
- VL Bioinformatik II, SoSe 2003, 2 SWS (Freytag)
Achtung: Bei erfolgreicher Teilnahme an der Übung wird ein Übungsschein ausgestellt. Dieser kann zusammen mit einem Übungsschein der Vorlesung Data Warehouse in einen Seminarschein umgetauscht werden.
Themen im Einzelnen (hier werden die Foliensätze verfügbar sein ... Änderungen noch möglich):
- 18.4.2003: Entfällt - Feiertag
- 25.4.2003:Administratives, Molekularbiologische Grundlagen
- 02.5.2003: Entfällt
- 09.5.2003: Einführung; Anforderungen und Eigenschaften molekularbiologischer Datenbanken
- 16.5.2003: Einführung Teil II: Zugang und Anforderungen
16.5.2003: Datenmodelle Teil I: Entry-Based, RDBMS, ASN.1 (Korrigierte Folien) - 23.5.2003: Datenmodelle Teil II; UML, Objektrelationales Mapping, Identifikation in MDB
- 30.5.2003: Datenmodelle Teil III; Versionierung, Modellierung widersprüchlicher Daten
- 06.6.2003: Mapping: Technologie, Algorithmen, Datenbanken (Korrigierte Folien)
- 13.6.2003: Mapping II: Algorithmen, Datenbanken
- 20.6.2003: Sequenzierung und EST/cDNA: Sequenziertechnologie, Base Calling und Assembly
- 27.6.2003: Sequenzierung Teil II: EST/cDNA, UniGene, Datenmodelle, Datenbanken
- 04.7.2003: Genexpression und Microarrays
- 11.7.2003: Genexpression II: Clustering, Datenmodelle, Datenbanken
- 18.7.2003: Proteomics: Proteinidentifikation, Proteindatenbanken (Stand 18.7.)
Ort: RUD 26, Raum 0'307
Zeit: Freitags, 11.00 c.t. - 13.00 Uhr