Vorlesung Bioinformatik für Biophysiker
Vorlesung im Sommersemester 2007
Prof. Herzel, Prof. LeserDie zweistündige Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen moderner Bioinformatik. Sie wird ergänzt um eine vorlesungsbegleitende Übung. Voraussetzung zum Erhalt eines Scheines ist das Bestehen einer Klausur und die Teilnahme an der Übung.
Ort / Zeit:
Freitags, 11.00 - 14.00 UhrIm ersten Teil (Prof. Herzel) des Semesters findet die Vorlesung im
Zentrallabor, Invalidenstr. 42 statt
Im zweiten Teil (Prof. Leser, ab dem 1.6.2007) findet die Vorlesung in
Adlershof, RUD25, Raum 4.113 statt
Literatur zur Vorlesung
Abschnitt Prof. Leser: Dan Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences", Cambrige University Press
Übung
Die Aufgabenblätter für die Übung finden sie hier.
Themen im Einzelnen
(Folien sind hier gegebenenfalls vor der Vorlesung als PDF verfügbar. Änderungen möglich):- Prof. Herzel: tba
- 1.6.2007: Prof. Leser: Einleitung, Zeichenketten und Bioinformatik, Z-Box Algorithmus
- 8.6.2007: Approximatives Stringmatching, lokales Alignment
- 15.6.2007: Keine Vorlesung
- 22.6.2007: Vorlesung von 16-19 Uhr. Substitutionsmatritzen und BLAST
- 29.6.2007: Keine Vorlesung
- 6.7.2007: BLAT und multiples Alignment
- 13.7.2007: Phylogenetische Algorithmen
- 20.7.2007: Keine Vorlesung
- 27.7.2007: Klausur