Bioinformatik (für Biophysiker)
Für Studenten des Studiengangs "Theoretische Biophysik und
Bioinformatik"
Vorlesung im Wintersemester 2003 / 2004 Prof. Herzel, Prof. Frömmel, Prof. Leser, Dr. Meisel, Dr. Preissner
Vorlesung im Wintersemester 2003 / 2004 Prof. Herzel, Prof. Frömmel, Prof. Leser, Dr. Meisel, Dr. Preissner
Die zweistündige Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen moderner Bioinformatik. Sie wird ergänzt um ein Blockpraktikum im Zeitraum vom 23.2.2004 - 27.2.2004 am Institut für Informatik.
Ort / Zeit:
- Montag, 16.00 - 18.00 Uhr, Zentrallabor, Invalidenstr. 42
Die Vorlesung wird in Abschnitten von den verschiedenen Dozenten gehalten.
Literatur zur Vorlesung
- Abschnitt Prof. Leser: Dan Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences", Cambrige University Press
Klausurtermin
Voraussetzung zum Erhalt eines Scheines ist das Bestehen einer Klausur und die Teilnahme am Praktikum. Klausurtermin ist
Freitag, 27.2.2004, 14.00 UhrDie Klausur wird also unmittelbar im Anschluss an das Praktikum in Adlershof geschrieben werden. Sie dauert 90 Minuten. Der genaue Raum wird noch bekannt gegeben.
Themen im Einzelnen
(Folien sind hier teilweise jeweils vor der Vorlesung als PDF verfügbar. Änderungen möglich):- 27.10.2003, Prof. Frömmel: Einführung / Sequenz->Struktur->Funktion
- 03.11.2003, Dr. Preissner: Funktion und Dynamik von Proteinen
- 10.11.2003, Prof. Herzel: Genome
- 17.11.2003, Prof. Herzel: Bernoulli Sequenzen und statistische Unabhängigkeit
- 24.11.2003, Prof. Herzel: Markov-Modelle und Bayes-Formel
- 01.12.2003, Prof. Leser: Einleitung, Stringalgorithmen
- 08.12.2003, Prof. Leser: Suffixbäume und Suffixarrays
- 15.12.2003, Prof. Leser: Sequenzalignment und dynamisches Programmieren
- Weihnachten / Neujahr
- 05.01.2004, Prof. Leser: Lokales Alignment; Substitutionsmatrizen
- 12.01.2004, Prof. Leser: BLAST, Multiples Sequenzalignment
- 19.01.2004, Dr. Preissner: Strukturvorhersage, Homology Modelling
- 26.01.2004, Dr. Preissner: Strukturalignment und in silico Screening
- 02.02.2004, Prof. Frömmel: Protein-Struktur-Alignment
- 09.02.2003, PD Dr. Meisel: Pharmakogenomik und Genetik komplexer Erkrankungen
- 16.02.2003, Dr. K. Köpke: Analyse komplexer Genotyp-Phänotyp-Beziehungen