Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Seminar Workflowsprachen

Prof. Dr. Ulf Leser

Scientific Workflow Systems are programmed using dedicated languages. These can be graphical, extend common programming languages, are be defined as stand-alone domain specific language. In this seminar, we want to explore the breadth of available languages for concrete workflow systems, like NextFlow, Airflow, snakemake, Galaxy, WSL, or CWL. We characterize and compare these languages in terms of complexity, expressiveness, and semantics. Students will program concrete workflows in a chosen language.

Students will build 2-person teams working on a language (and system) of choice; each team will perform independent literature research, prepare a short thesis proposal, give a joint presentation, and write a thesis.

Voraussetzungen

Gute Kenntnisse in Programmiersprachen; Grundkenntnisse in verteilten Systemen

Schein und Anrechenbarkeit

Das Seminar ist anrechenbar für

  • Bachelor Informatik

Voraussetzung für den Schein ist:

  • die Abgabe einer Outline (Abstract, Struktur, Literaturliste)
  • das erfolgreiche Halten eines kurzen (5min) und eines längeren Vortrags (20-30min)
  • das Verfassen einer Seminararbeit (10-15 Seiten)

Anmeldung

Die Teilnehmerzahl ist begrenzt, die Anmeldung erfolgt über AGNES.

Termine und Ablauf

Das Seminar findet in Präsenz statt. Die Themen werden abstrakt vergeben (siehe unten). Es ist die Aufgabe aller Teilnehmer*innen, zu dem ihnen zugewiesenen Themen zu recherchieren, geeignete Forschungsarbeiten zu identifizieren und den Stand-der-Technik in einer Arbeit und zwei Vorträgen zusammenzufassen. Die Bearbeitung verlangt auch die praktische Implementierung von Workflows. Es gilt:

  • Am 21.10.2024, 15-17 Uhr, Raum ESZ 1'307, findet die Einführungsveranstaltung statt, die für alle Teilnehmenden verpflichtend ist. Dort wird Inhalt und Ablauf des Seminars vorgestellt sowie die Themen erläutert und vergeben.
  • Jede Gruppe muss zwei Vorträge halten:
    • Termin tba (Semestermitte): Einen 5 Minuten "Teaser Talk" zur Themenvorstellung
    • Termin tba (Semesterende): Einen 30 Minuten Seminarvortrag
  • Jede Gruppe muss zwei schriftliche Abgaben erledigen:
    • Bis 18.11.2024: Ein Outline des Themas verfassen (Titel, Abstract, Struktur, Literaturverzeichnis). Markieren Sie die drei für ihre Arbeit wichtigsten Publikationen.
    • Bis 31.03.2025: Eine 10-15 seitige Seminararbeit.

Materialien

 

Vorlagen

 

Themen

Topic Supervisor Students
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