Grundlagen der Bioinformatik
Vorlesung im Sommersemester 2011
Professor Ulf Leser
Die Vorlesung bietet eine Einführung in Themen der Bioinformatik. Sie vermittelt die notwendige Grundkenntnisse in der Molekularbiologie und behandelt dann eine Reihe von Themen der Bioinformatik, wie Sequenzierung von Genomen, Vergleich und Suche in DNA Sequenzen, Messung und Interpretation von Genexpressionsexperimenten, Proteomics, Analyse von Protein-Protein-Interaktionsnetzen etc. Sie ist grundlegend konzipiert und führt in ihre Themen eher ein.
Die erste Vorlesung findet am 15.04.2011 statt.
Die Vorlesung wird durch eine Übung begleitet. Diese vertieft ausgewählte Methoden der Vorlesung durch deren praktische Umsetzung.
Voraussetzungen
Voraussetzung für den Besuch sind grundlegende Kenntnisse in Algorithmen und gute Kenntnisse in Java.
Prüfungen
Prüfungen sind mündlich. Die möglichen Prüfungstermine sind:
- 25.7., 26.7., 26.8., 10.10. und 11.10.
- Anmeldung bei Fr. Melchert (Sprechzeit tägl. 10-15 Uhr) bis 2 Wochen vor Prüfungstermin
- Abmeldung ebenfalls bei Fr. Melchert bis 2 Tage bzw. 1 Woche vor Prüfungstermin (hängt von der jeweiligen Prüfungsordnung ab)
Anrechnung
Der Kurs (Vorlesung + Praktikum) kann angerechnet werden für- Bachelor Informatik, Wahlpflichtbereich, drittes Semester oder höher (5 SP)
- Bachelor Biophysik, Pflichtvorlesung im Modul Bioinformatik (5 SP)
Themen der Vorlesung
- Einführung
- Exakte und unscharfe Substringsuche
- Alignierung von Sequenzen
- Substitutionsmatrizen PAM und Datenbanksuche mit BLAST
- Multiples Sequenzalignment
- Microarrays, Messung von Genexpression
- Analyse von Microarraydaten
- Proteine: Struktur und Funktion
- Protein-Protein Interaktionsnetzwerke
- Metabolische Netzwerke
- Proteomics
- Abschluss