Klassische Algorithmen der Bioinformatik
Professor Ulf Leser, Silke Trißl
Übersicht
Inhalt
In dem Proseminar werden eine Reihe von klassischen Arbeiten der algorithmischen Bioinformatik besprochen. Wir betrachten Algorithmen zur Lösung einer ganze Bandbreite von Problemen der modernen Molekularbiologie, angefangen bei der DNA Sequenz (mit Themen zum Sequenzvergleich und dem Assemblieren von Sequenzen)über die RNA (RNA Strukturvorhersage, Auswertung von Microarrays) bis zur Proteinwelt (3D Strukturvergleich, Mustererkennung fr Proteindomänen) und in die Systembiologie. Die Themen entspringen daher sehr realen Problemen; die Fokussierung des Seminars liegt auf den Algorithmen zur Lösung der Probleme.
Zeit und Ort
Das Seminar findet im Sommersemester 2005 jeweils Montags von 11 -
13 Uhr, c.t. in Raum RUD 25, III.113 statt.
Der erste Termin des Proseminars ist Montag, der 18.
April. An diesem Termin werden auch die Themen vergeben.
Themen
Die Themen werden wir in der zweiten Vorlesungswoche vergeben. Die Themen im Einzelnen sind (Literaturliste):
| Einführung in das Thema | |||
|---|---|---|---|
| [PDF] | 18.04. | Themenvergabe und Vortragsgestaltung | Prof. Leser |
| [PDF] | 25.04. | Biologische Grundlagen | Silke Trißl |
| [PDF] | 09.05. | Sequenzalignment und Sequenzassembly | Prof. Leser |
| Alignment und Ähnlichkeitssuche | |||
| 1 | 23.05. | BLAST und BLAST 2 | Martin Bertheau |
| Multiple Sequence Alignment und Phylogenie | |||
| 2 | 30.05. | Multiple Sequence Alignment Vortrag, Ausarbeitung |
Martin Filip |
| 3 | 06.06. | Phylogenetische Algorithmen Vortrag, Ausarbeitung |
Robert Hellfritzsch |
| Vergleichende Analysen | |||
| 4 | 13.06. | Genome Rearrangements Vortrag, Ausarbeitung |
Paul Buerschaper |
| 5 | 20.06. | Microarrays Vortrag |
Todor Kalaydijev |
| Strukturvorhersage und Alignment | |||
| 6 | 27.06. | Vorhersage von Proteinsekundärstruktur Vortrag, Ausarbeitung |
Janine Gühler |
| 7 | 04.07. | Strukturalignment Vortrag, Ausarbeitung |
Karsten Patzwaldt |
| Systems Biology | |||
| 8 | 11.07. | Networks and Systems Biology Vortrag, Ausarbeitung |
Andreas Wickert |
Teilnahmevoraussetzungen
Teilnahmeberechtigt sind alle Studenten der Informatik im Grundstudium, die Interesse an der Lösung biologischer Probleme haben. Die Anmeldung zum Proseminar erfolgt ausschließlich über Goya.
Scheinerwerb
Die Teilnehmer/innen des Proseminars können am Ende einen Schein
erhalten. Voraussetzungen dafür sind die Anwesenheit beim Seminar, die
Präsentation des ausgewählten Themas, sowie die Anfertigung einer
schriftlichen Ausarbeitung über dieses Thema. Jeder Vortrag soll ca. 40
Minuten dauern und muss selbstständig erstellt sein.
Termine für die Vorbesprechungen (Thema & Folien) bitte
rechtzeitig mit dem Betreuer abklären. Die Vorbesprechung für das Thema
sollte - soweit möglich - 6 Wochen vor dem Vortrag stattfinden, die
Vortragsfolien sind mit dem Betreuer eine Woche vorher zu besprechen.
Die schriftliche Ausarbeitung (10 - 15 Seiten) zu dem gewählten Thema
ist 2 Wochen nach dem Vortragstermin abzugeben.
Kontakt
Bei Fragen wenden sich Interessierte bitte an Prof. Ulf Leser, RUD25, IV.105, oder Silke Trißl, RUD25, IV.104.
Stand: 15.03.2005, ST