Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

WBI Information Day

Freitag, 11.12.2009 10:00 s.t. - 15:00, Humboldt-Kabinett

Der "WBI Information Day" ist eine lehrstuhlweite Vortragsrunde, in der Doktoranden, Diplomanden, Studienarbeiter und studentische Hilfskräfte des Lehrstuhls einen 10 minütigen Vortrag über ihr Thema halten.

Ziel der Veranstaltung ist es, Querbezüge zwischen Themen zu erkennen und Ansprechpartner für Fragen aller Art zu finden. Daher sollten die Vorträge weniger tiefe technische Details erklären, als vor allem das Thema und die Motivation der Arbeit darlegen - es ist ja auch nicht viel Zeit.


Vorläufige Themen-Übersicht

Information Extraction, 10.00 - 11.15

  • Thomas, Phillipe: Text mining in the context of colon cancer.
  • Nguyen, Quang Long: Simple tricks help to dramatically improve pattern-based recognition of bio-molecular events in biomedical literature.
  • Rostin, Alexandra: Fast and accurate recognition of protein names in text.
  • Solt, Illés: Enhancing regulation extraction by literature classification.
  • Damyanliev, Nikolay: Finding Gene Ontology Terms in Biomedical Articles.
  • Müller, Christian: Erkennung Naher-Duplikate von Nachrichten-Dokumenten aus dem Web.

Pathways: Analysis, Databases, and Retrieval: 11.15-12.30

  • Jaeger, Samira: Disease gene identification using direct and indirect functional links.
  • Kroeger, Stefan: Analysis of T-cell signaling using network reconstruction methods.
  • Starlinger, Johannes: Search, view, integrate. A web based annotation platform.
  • Brosy, Franziska: Rekonstruktion biologischer Pathways aus sehr großen Korpora.
  • Arnold, Oliver: Bestimmung von Subgraphen für Pathways.
  • Arzt, Sebastian: PPI + Pathways = ProtPath

Pause (Buffet): 12.30-13.00

Transregio TRR-54: 13.00-13.30

  • Koschmieder, André: Data Management in the Transregio TRR-54.
  • Zimmermann, Karin: On the Analysis of Affymetrix Exon Arrays.

Core Databases: 13.30-14.30

  • Castillo, Roger: RDFMatView Index - Using Materialized Views for SPARQL queries.
  • Kabisch, Thomas: Web Query Interface Integration.
  • Trissl, Silke: Cost-based Optimization of Graph Queries.
  • Pirk, Holger: Cache Conscious Data Layouting for In-Memory Databases.
  • Rheinländer, Astrid: Competitor Target Analysis in Disease Pathways.



Contact: André Koschmieder [koschmie (at) informatik.hu-berlin.de]