Grundlagen der Bioinformatik
Die Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen der Bioinformatik. Sie vermittelt notwendige Grundkenntnisse in der Molekularbiologie und behandelt ausgewählte Themen der Bioinformatik, wie Sequenzierung von Genomen, Vergleich und Suche in DNA Sequenzen, Messung und Interpretation von Genexpressionsexperimenten, Analyse von Protein-Protein-Interaktionsnetzen etc. Sie ist grundlegend konzipiert und führt in die Themen nur ein.
Die Vorlesung wird durch eine Übung begleitet, in die sich Teilnehmer gesondert einschreiben müssen. Die Übung vertieft ausgewählte Methoden der Vorlesung durch deren praktische Umsetzung. Bestehen der Übung ist Voraussetzung zur Prüfungsanmeldung.
Die Vorlesung am 19.4.2018 entfällt. Die erste Vorlesung findet am 26.4.2018 statt. Die Übung am 19ten bzw 20ten finden statt und sind für Teilnehmer und Teilnehmerinnen Pflicht.Voraussetzungen
Voraussetzung für den Besuch sind grundlegende Kenntnisse in Algorithmen und gute Kenntnisse in Java.
Prüfungen und Anrechenbarkeit
Die Prüfungen erfolgt schriftlich per Klausur. Diese findet am Montag, den 27.8.2018, ab 11.30 im Raum 3.001 statt (Einlass ab ca. 11.15). Hilfsmittel sind nicht gestattet. Voraussetzung für die Prüfungsanmeldung ist das Bestehen der Übung.
Informationen zur Studiengängen und Anrechenbarkeit finden Sie in AGNES
Literatur zur Vorlesung
- Gusfield, D. (1997). "Algorithms on Strings, Trees and Sequences", Cambridge University Press.
- Lesk, A. M. (2008). "Introduction to Bioinformatics", Oxford University Press.
- Xiong, J. (2006). "Essential Bioinformatics", Cambridge University Press.
Themen der Vorlesung
Diese Liste wird ständig aktualisiert. Folien zu den Vorlesungen und notwendige Daten werden hier veröffentlicht.
- Introduction
- Exact string matching
- Global and local alignment
- Scoring Matrices and BLAST
- Multiple sequence alignment; ClustalW
- Messung von Genexpression (Raik Otto)
- Microarray analysis (Raik Otto)
- Protein secondary structure
- Proteomics: High-Throughput Messung des Proteomes
- Protein-protein interaction networks
- Reconstruction of biological networks