Grundlagen der Bioinformatik
Die Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen der Bioinformatik. Sie vermittelt die notwendige Grundkenntnisse in der Molekularbiologie und behandelt ausgewählte bioinformatische Themen, wie Sequenzierung von Genomen, Vergleich und Suche in DNA Sequenzen, Messung und Interpretation von Genexpression, oder die Analyse von Protein-Protein-Interaktionsnetzen. Sie ist als Grundlagenmodul konzipiert und führt in die behandelten Themen nur ein.
Die Vorlesung wird durch eine Übung begleitet. Diese vertieft ausgewählte Methoden der Vorlesung durch deren praktische Umsetzung. Bestehen der Übung ist Voraussetzung zur Teilnahme an der Prüfung. Die Anmeldung zur Prüfung erfolgt über Agnes; eine Anmeldung zur Vorlesung ist nicht möglich. zur Kommunikation werden wir im wesentlichen Moodle verwenden. Den Einschreibeschlüssel verteilen wir in der ersten Vorlesung
Voraussetzungen
Voraussetzung für den Besuch sind grundlegende Kenntnisse in Algorithmen und gute Kenntnisse in Java.
Prüfungen und Anrechenbarkeit
Die erste Prüfung erfolgt per Klausur (Termin und Ort noch offen). Voraussetzung für die Teilnahme ist das Bestehen der Übung. Die zweite Prüfund wird mündlich oder schriftlich erfolgen; dies wird in der erten Vorlesungswoiche festgelegt.
Termine
Die Vorlesung wird wegen mehrerer Feiertage sowie Ostern manches Mal nicht am Standard-Termin, Donnerstags 11-13 Uhr, stattfinden. Folgende Abweichungen stehen bereits fest:
- Erste Vorlesung: Dienstag, 15.4.25, Raum 3.101
- 17.4.25: Vorlesung entfällt
- 24.4.25: Vorlesung entfällt
- 01.5.25: Vorlesung entfällt
- Extra-Vorlesung: Dienstag, 6.5.24, Raum 3.101
Literatur zur Vorlesung
- Gusfield, D. (1997). "Algorithms on Strings, Trees and Sequences", Cambridge University Press.
- Lesk, A. M. (2008). "Introduction to Bioinformatics", Oxford University Press.
- Xiong, J. (2006). "Essential Bioinformatics", Cambridge University Press.
Themen der Vorlesung
Die Folien werden über Moodle veröffentlicht. Geplant sind die folgenden Themen:
- Introduction
- Exact string matching with Boyer-Moore
- Global and local alignment
- Scoring Matrices and BLAST
- Multiple sequence alignment; ClustalW
- Gene expression and mRNA
- Grundlagen der Biostatistik
- Protein secondary structure
- Proteomics: Protein Identification with Mass-Spectrometry
- Protein-protein interaction networks
- Reconstruction of (regulatory) networks
- Summary, conclusion, feedback