Forschungsseminar
"Neue Entwicklungen in der Bioinformatik und Informationsintegration"

- Freitag, 21. Mai 2004, 11.15 Uhr. RUD 25, Raum IV.111 -

Columba - Aufbau und Anwendung der Datenbank für annotierte Proteinstrukturen

Silke Trißl

Wissensmanagement in der Bioinformatik, HU Berlin

Stefan Günther

TFH Berlin

Der erste Teil des Vortrags beschäftigt sich mit dem Aufbau von Columba, einem Data warehouse für annotierte Proteinstrukturen. Zu jedem Eintrag der Protein Data Bank (PDB), einem Repository für Proteinstrukturen, speichern wir die enzymatische Reaktion aus ENZYME, die Beteiligung an Stoffwechselwegen nach KEGG, die Faltungsklassifikation von SCOP und CATH, sowie über die Verknüpfung mit Swiss-Prot die Annotation aus der Gene Ontology und NCBI Taxonomy.
Auf die Daten kann über ein Web interface zugegriffen werden, über dessen Aufbau ich auch etwas erzählen möchte.

Im zweiten Teil wird Stefan Günther vorstellen, wie Columba angewendet werden kann und einige Ergebnisse seiner Masterarbeit über DNA-bindende Proteine zeigen.