Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Molekularbiologische Datenbanken

Vorlesung im Sommersemester 2004
Professor Ulf Leser

Molekularbiologische Forschung ist undenkbar geworden ohne den Einsatz von Datenbanken zur Datenspeicherung, zur Datenanalys3, und zur gezielten Suche nach Daten. Datenbanken wie EMBL, Swiss-Prot/Uni-Prot oder OMIM wachsen mit exponentieller Rate und werden täglich von tausenden Forschern verwendet. Die Vorlesung stellt zunächst Konzeote von Datenbanken da, die im biomedizinischen bereich eine Rolle spielen, wie Versionierung, Non-Standard Datenmodell oder objekt-relationale Abbildungen. Aufbauend darauf werden eine Reihe von biotechnischen Verfahren besprochen, jeweils untergliedert in eine Erläuterung des tatsächlichen Verfahrens, der verwendeten Algorithmen, und die Abbildung in Datenbanken. Dabei kommen weitere zentrale Theman molekularbiologicher Datenbanken zur Sprache, wie Datenqualität, Data Cleansing, Objektidentifikation und Datenintegration.

Voraussetzungen
Voraussetzung für den Besuch sind Kenntnisse in relationalen Datenbanken (z.B. durch DBS-I) . Grundkenntnisse in der Bioinformatik sind nicht notwendig.

Übung
Die Vorlesung wird durch eine Übung begleitet. Die Teilnahmme an der Übung ist nicht Voraussetzung zur Prüfung. Die Anzahl der Teilnehmern an der Übung ist auf 18 Studenten/innen begrenzt.

Prüfungen
Die Vorlesung kann mit der Vorlesung Data Warehousing zu einem Halbkurs kombiniert werden. Voraussetzung zur Halbkursprüfung ist dabei die erfolgreiche Teilnahme an mindestens einer der beiden Übungen (DWH, MDB).
Auf Anfrage sind auch andere Kombinationen möglich.

Themen
(Folien sind hier jeweils vor der Vorlesung als PDF verfügbar. Änderungen möglich. Der Zeitplan sollte nur als Orientierung dienen).

Ort:  RUD 26, Raum 1'303
Zeit: Mittwoch, 9.30 s.t. - 11.00 Uhr

Weitere Materialien