Forschungsseminar Sommersemester 2005
"Neue Entwicklungen in der Bioinformatik und Informationsintegration"
Silke Trißl
Anfragen an Ontologien in relationalen Datenbanken
Ontologien und Taxonomien sind kontrollierte, strukturierte
Vokabulare für eine Domäne um Objekte darin zu beschreiben. Ontologien
in der Biologie, wie beispielsweise die Gene Ontology oder die NCBI
Taxonomie, die Klassifizierung von Lebewesen, sind als Bäume bzw.
gerichtete, azyklische Graphen aufgebaut. Taxonomien werden häufig
zusammen mit den annotierten Objekten in relationalen Datenbanken
gespeichert.
Durch die Struktur der Ontologien bzw. Taxonomien können Beziehungen
zwischen Objekten angefragt und erkannt werden. Diese Anfragen
innerhalb eines relationalen Datenbanksystem auszuführen setzt entweder
die Verwendung von rekursiven Funktionen oder die Indizierung des
Graphen voraus. Ich stelle 2 verschiedene Indizierungsmöglichkeiten
vor, die transitive Hülle und Pre- und Postorder Ranking, und
vergleiche die Anfragezeiten für beide Indexstrukturen mit
Anfragezeiten für die rekursive Funktion.