Fortgeschrittene algorithmische Bioinformatik
Professor Ulf Leser
In dem Seminar werden Algorithmen zur Lösung spezieller bioinformatischer Fragestellungen besprochen. Es bildet damit die ideale Fortsetzung der Vorlesung "Algorithmische Bioinformatik". Die behandelten Themem sind: Non-Standard Verfahren zum exakten Stringmatching, verschiedene Probleme im Bereich Suffixbäume und -arrays, neueste Heuristiken zur schnellen Suche in Sequenzdatenbanken, Sequenzvergleiche mit Hidden Markov Modellen, und zwei neue Arbeiten zum multiplen Sequenzalignment.
Das Seminar bildet die ideale Fortsetzung der Vorlesung "Algorithmische Bioinformatik".
Die Seminarvorträge werden an zwei Tagen, 6. und 15. Juli 2005, als Blockseminar gehalten. Beginn ist jeweils um 10.15 Uhr, im Humboldt-Kabinett, Rudower Chaussee 25, zwischen Haus III und IV im 1. Stock.
Die Einführungsveranstaltung mit Themenvorstellung und Themenvergabe findet am Mittwoch, den 13.4.2005, von 11.15 - 13.00 Uhr im Raum RUD25, 3.101 statt. An diesem Termin ist Anwesendheitspflicht.
Themen
Die Themen im Einzelnen sind (Literaturliste):
| Einführung und Themenvergabe | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Agenda | ||||||
| Mittwoch, 6. Juli | ||||||
| Zeichenkettenalgorithmen | ||||||
| 10.15 | Shift-AND und Karp-Rabin | Leser | Bayerbach, Wadim | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| 11.00 | Konstruktion von Suffixarrays in linearer Zeit | Leser | Karadzic, Marek | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| 11.45 | Das LCP Problem in Suffixbäumen | Hakenberg | Swist, Konstanze | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| ab 12.30: Mittagspause | ||||||
| 13.15 | Enhanced Suffixarrays | Hakenberg | Epperlein, Matthias | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| 14.00 | Konstruktion sehr großer Suffixbäume | Leser | Andre, Steffen und Hoehndorf, Michael |
Folien | Seminararbeit | Literatur |
| Multiples Sequenzalignment | ||||||
| 14.45 | Multiple Sequence Alignment: T-Coffee | Hakenberg | May, Enrico | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| ab 15.30: Kaffeepause | ||||||
| 16.00 | Multiple Sequence Alignment: DIAlign | Hakenberg | Brauer, Germar | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| Schnellere Approximative Stringmatchingalgorithmen | ||||||
| 16.45 | Seedwahl zum schnellen Alignment | Leser | Hepp, Bettina | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| Freitag, 15. Juli | ||||||
| Schnellere Approximative Stringmatchingalgorithmen II | ||||||
| 10.15 | SST: Advanced Similarity Search | Leser | Brosy, Franziska | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| 11.00 | Whole Genome Alignment mit Suffixbäumen | Leser | Kutbay, Ahmet Emre | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| 11.45 | Whole Genome Alignment mit Frequency Vectors | Leser | Hackenberg, Marco und Grossmann, Benjamin |
Folien | Seminararbeit | Literatur |
| ab 12.30: Mittagspause | ||||||
| Hidden Markov Modelle, Probablistische Probleme | ||||||
| 13.15 | Alignments mit HMMs | Hakenberg | Aleksandrowicz, Lech | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| 14.00 | Profile HMM | Hakenberg | Maiwald, Gunnar | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| Oligodesignprobleme | ||||||
| 14.45 | Oligarray - Designproblem | Hakenberg | Arnold, Oliver und Nielsen, Jan Hendrik |
Folien | Seminararbeit | Literatur |
| ab 15.30: Kaffeepause | ||||||
| 16.00 | Unique Probes aus EST-Datenbanken | Hakenberg | Hussels, Hans-Philipp | Folien | Seminararbeit | Literatur |
| Sequence Assembly | ||||||
| 16.45 | Der Celera Assembler | Leser | Fehr, Alexander und Brandt, Christian |
Folien | Seminararbeit | Literatur |
| Hinweise zur Ausarbeitung | ||||||
Teilnahme und Scheinerwerb
Die Teilnehmer/innen des Seminars können am Ende einen Schein erhalten. Voraussetzungen dafür sind die aktive Teilnahme am Seminar, die Präsentation eines ausgewählten Themas, sowie die Anfertigung einer schriftlichen Ausarbeitung über dieses Thema (10-15 Seiten). Verpflichtend ist die Teilnahme an einer Vorbesprechung des Themas sowie die Anwesenheit bei allen Vorträgen. Jeder Vortrag wird ca. 40 Minuten dauern und muss selbstständig erstellt sein. Die Vortragsfolien sind mit dem Betreuer eine Woche vorher abzusprechen. Termine für beide Vorbesprechungen (Thema & Folien) bitte rechtzeitig mit dem Betreuer abklären. Die Anmeldung zum Seminar erfolgt ausschließlich über Goya.
Vorträge und Ausarbeitung können mit dem jeweiligen Betreuer der Arbeit nachbesprochen werden. Termine hierfür bitte individuell vereinbaren. Scheine sind nach Abgabe der Ausarbeitung und Korrektur im Sekretariat, RUD 25, Raum IV.106, erhältlich.
Kontakt
Interessierte wenden sich bitte an Prof. Ulf Leser, RUD 25, IV.105, oder Jörg Hakenberg, IV.104.
Stand: 18.7.2005, JH