Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Vorlesung im Sommersemester 2008

Die Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen moderner Bioinformatik. Sie wird ergänzt um eine vorlesungsbegleitende Übung. Voraussetzung zum Erhalt eines Scheines ist das Bestehen einer Klausur; die Übung ist fakultativ.

Ort / Zeit:

Im ersten Teil (Prof. Herzel) des Semesters findet die Vorlesung im Zentrallabor, Invalidenstr. 42 statt
Im zweiten Teil (Prof. Leser, ab dem 6.6.2007) findet die Vorlesung in Adlershof statt (Raum:  RUD 25, 4.113)

Literatur zur Vorlesung

Abschnitt Prof. Leser: Dan Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences", Cambrige University Press

Themen der Vorlesung

• Prof. Herzel: tba
• 6.6.2008: Prof. Leser: Einleitung, Zeichenketten und Bioinformatik, Z-Box Algorithmus
• 13.6.2008: Approximatives Stringmatching, lokales Alignment
  Aufgabenblatt 4, Beispielsequenzen (DNA)
• 20.6.2008: Substitutionsmatritzen und BLAST
  Aufgabenblatt 5, Beispielsequenzen (Protein)
• 27.6.2008: Übung - Korrektur Aufgabenblatt 4, Aufgabe4.java, Alignment.java
• 4.7.2008: BLAT und multiples Sequenzalignment, Beginn 16 Uhr
• 11.7.2008: Übung - Korrektur Aufgabenblatt 5
• 18.7.2008: Klausur, Zentrallabor, 10.00 Uhr