Vorlesung Grundlagen der Bioinformatik
Dr. Liam Childs
Alle Vorlesungen sind auf Englisch. Die Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen der Bioinformatik. Sie vermittelt zunächst die notwendige Grundkenntnisse in der Molekularbiologie und behandelt dann ausgewählte Themen der Bioinformatik, wie Sequenzierung von Genomen, Vergleich und Suche in DNA Sequenzen, Messung und Interpretation von Genexpressionsexperimenten, Proteomics, Analyse von Protein-Protein-Interaktionsnetzen etc. Sie ist grundlegend konzipiert und führt in die Themen nur ein.
Die Vorlesung wird durch eine Übung begleitet, in die sich Teilnehmer über Goya einschreiben müssen. Die Übung vertieft ausgewählte Methoden der Vorlesung durch deren praktische Umsetzung. Bestehen der Übung ist Voraussetzung zur Prüfungsanmeldung.
Voraussetzungen
Voraussetzung für den Besuch sind grundlegende Kenntnisse in Algorithmen und gute Kenntnisse in Java.
Prüfungen und Anrechenbarkeit
Je nach Teilnehmerzahl sind Prüfungen mündlich oder schriftlich. Voraussetzung für die Prüfung ist das Bestehen der Übung. Die Prüfungsform wird in der ersten Semesterwoche bekannt gegeben.
Termin für schriftliche Klausur:
- 22.07.2014 14:00 RUD 26, 0'110
Results
| ID | Mark |
|---|---|
| 101 | 2.7 |
| 102 | 2.3 |
| 104 | 1.7 |
| 106 | 2.7 |
| 107 | 5.0 |
| 108 | 1.7 |
| 109 | 2.7 |
| 110 | 3.0 |
| 111 | 1.0 |
| 112 | 1.3 |
| 113 | 2.3 |
| 114 | 3.0 |
| 115 | 1.0 |
| 116 | 2.7 |
| 118 | 3.3 |
| 119 | 5.0 |
Das Modul ist anrechenbar für
- Monobachelor Informatik, Wahlpflichtbereich, 5 SP
- Kombibachelor Informatik Erstfach, Wahlpflichtbereich, 5 SP
- Bachelor Biophysik, Pflichtvorlesung im Modul Bioinformatik (5 SP)
Literatur zur Vorlesung
- Gusfield, D. (1997). "Algorithms on Strings, Trees and Sequences", Cambridge University Press.
- Lesk, A. M. (2008). "Introduction to Bioinformatics", Oxford University Press.
- Xiong, J. (2006). "Essential Bioinformatics", Cambridge University Press.
Themen der Vorlesung
Diese Liste wird ständig aktualisiert. Folien zu den Vorlesungen und notwendige Daten werden hier veröffentlicht.
- 17.04. Lecture 1 Introduction.
- 24.04. Lecture 2 String search.
- 15.05. Lecture 3 Alignment.
- 22.05. Lecture 4 Local Alignment.
- 05.06. Lecture 5 Multiple sequence alignment.
- 12.06. Lecture 6 Microarrays.
- 19.06. Lecture 7 Microarray analysis.
- 26.06. Lecture 8 Protein secondary structure.
- 03.07. Lecture 9 Protein-protein interaction.
- 10.07. Lecture 10 Proteomics.
- 17.07. Lecture 11 Conclusion.