Proseminar Grundlegende Themen der Bioinformatik
Das Proseminar muss leider ausfallen
Prof. Dr. Ulf Leser
Das Proseminar führt in das eigenständige wissenschaftliche Arbeiten anhand grundlegender Probleme der Bioinformatik ein. Die betrachteten Problem sind algorithmischer Natur oder aus dem Bereich der statistischen Datenanalyse. Fokus des Proseminars liegt auf der selbständigen, abgeleiteten Erarbeitung eines einfachen Forschungsthemas durch die Studierenden.
Voraussetzungen
Grundlagen der Programmierung; Interesse an interdisziplinären Fragestellungen
Schein und Anrechenbarkeit
Das Seminar ist anrechenbar für
- Monobachelor Informatik
- Kombibachelor Informatik
Voraussetzung für den Schein ist:
- das erfolgreiche Halten von drei Vorträgen
- das Verfassen zweier Versionen der Seminararbeit
- das Verfassen zweier Peer-Reviews anderer Seminararbeiten
Anmeldung
Die Teilnehmerzahl ist begrenzt, die Anmeldung erfolgt über Goya.
Termine und Ablauf
- Am 14.04.2012 findet die Einführungsveranstaltung statt, die für alle Teilnehmenden verpflichtend ist. Dort werden die Themen erläutert und vergeben.
- Jede(r) Studierende muss drei Vorträge halten:
- Einen 3-Minuten Teaser Talk zur Themenvorstellung
- Einen 10-Minuten Vortrag zur Themenübersicht und Einordnung
- Einen 25-Minuten Seminarvortrag
- Jede(r) Studierende muss zwei Ausarbeitungen schreiben:
- Eine 5-seitige Themenvorstellung und -einordnung
- Eine 10-seitige Seminararbeit
- Jede(r) Studierende muss zwei Peer Reviews schreiben
Termine im Überblick
14.04.2015 | Leser | Themenvorstellung, Seminaridee, Themenvergabe |
21.04.2015 | Leser | Wissenschaftliches Recherchieren; Wissenschaftliches Vortragen |
28.04.2015 | ||
05.05.2014 | Alle Studierende | Abgabe Literaturliste |
12.05.2015 | Alle Studierende | 3-Minuten Vorträge |
19.05.2015 | Leser | Wissenschaftliches Schreiben |
26.05.2015 | Alle Studierende | 10-Minuten Vorträge |
02.06.2015 | ||
09.06.2015 | Alle Studierende | Abgabe Seminararbeit (5 Seiten) |
16.06.2015 | ||
23.06.2015 | Alle Studierende | Abgabe peer-reviews |
30.06.2015 | Drei Studierende | Seminarvorträge |
07.07.2015 | Drei Studierende | Seminarvorträge |
14.07.2015 | Drei Studierende | Seminarvorträge |
15.8.2015 | Alle Studierende | Abgabe Seminararbeit (10 Seiten) |
Vorlagen
- Schriftliche Ausarbeitung, Latex
- Vortrag, Powerpoint
- Vortrag, Keynote
- Text für die Selbstständigkeitserklärung
- Checkliste für Vortrag und Seminararbeit
Themen
Topic | Paper | Vortragende(r) | Global Alignment |
---|---|---|
Fuzzy substring search in DNA archives | Lapawczyk | |
Transcription factor binding sites: Prediction & search | Dangel | |
Centrality in Biological Networks | ||
Network similarity search | ||
Sequence assembly | ||
Multiple sequence alignment | ||
Distance based phylogeny | ||
Counting frequent subgraphs | Geisler | |
Zählen häufiger Subgraphen | ||
Fast exact substring matching: Suffixtrees / suffixarrays | Wiegandt | |
Read Mapping | Birkigt |