Übung Grundlagen der Bioinformatik
Veranstaltung
Diese Übung begleitet die Vorlesung Grundlagen der Bioinformatik.
Der erste Übungstermin findet am 22.4.2016 statt. Dieser Termin ist Pflicht für alle Teilnehmer.
Ablauf
In der Übung müssen einfache bioinformatische Aufgaben gelöst bzw. implementiert werden. Dies umfasst sowohl die Neuimplementierung einfacher Verfahren als auch die Verwendung existierender Tools.
Die Implementationsaufgaben sind in Java zu lösen (Version 1.7 oder niedriger). Als Referenzrechner können Sie den Instituts-Rechner gruenau2 verwenden. Bitte stellen Sie sicher, dass ihre Abgabe auf diesem Rechner compiliert und läuft. Abgaben die sich nicht ausführen lassen werden mit 0 Punkten bewertet.
Die Arbeit erfolgt in 3er-Gruppen. Jede Gruppe muss alle Aufgaben erfolgreich bearbeiten (mindestens 51% der Punkte für jedes Aufgabenblatt). Die Aufgaben werden an einem Übungstermin ausgegeben, und die Lösungen müssen meist zwei Wochen später von einem der Gruppenmitglieder im Rahmen eines kurzen Vortrags vorgestellt werden. In dem Vortrag geht es vor allem darum, gesammelte Erfahrungen an die gesamte Zuhörerschaft zu kommunizieren.
Die einzelnen Aufgaben und Termine
Diese Liste wird ständig aktualisiert. Folien zu den Aufgaben und notwendige Daten werden hier veröffentlicht. Die angegebenen Tage können sich noch verschieben:
- 22.04.2016, 1. Übung: Java and FASTA (Abgabe: 27.04.2016).
Sequenz: chr21.fa - 29.04./02.05.2016, 2. Übung: Exact String Matching (Abgabe: 10.05.2016),
Korrektur 1. Übung.
Template: sequence.fasta, Pattern: pattern.fasta - 13.05./23.05.2016, 3. Übung: Alignments (Abgabe 01.06.2016),
Korrektur 2. Übung.
Sequenzen: pair.fasta, Matrix: matrix.txt - 03.06./06.06.2016, 4. Übung: Hierachical clustering (Abgabe: 22.06.2016),
Korrektur 3. Übung. - 17.06./20.06.2016, 5. Übung: Introduction to R (Abgabe: 29.06.2016).
R-Tutorial - 01.07./04.07.2016, 6. Übung: Microarray Analysis, (Abgabe: 13.07.2016)
Korrektur 4. und 5. Übung. - 15.07./18.07.2016, Korrektur 6. Übung.