Bioinformatik für Biophysiker
Für Studenten des Studiengangs Biophysik
Vorlesung im Wintersemester 2004 / 2005
Prof. Herzel, Prof. Frömmel, Prof. Leser, Dr. Köpke, Dr. Preissner
Vorlesung im Wintersemester 2004 / 2005
Prof. Herzel, Prof. Frömmel, Prof. Leser, Dr. Köpke, Dr. Preissner
Die zweistündige Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen moderner Bioinformatik. Sie wird ergänzt um ein Blockpraktikum im Zeitraum vom 21.2.2005 - 25.2.2005 am Institut für Informatik. Voraussetzung zum Erhalt eines Scheines ist das Bestehen einer Klausur und die Teilnahme am Praktikum (Siehe auch Material zum Blockpraktikum).
Klausurtermin ist Montag, 28.2.2005, 16.00 Uhr, in Adlershof. Der genaue Raum wird noch bekannt gegeben. Die Klausur dauert 90 Minuten.
Ort / Zeit:
Montag, 10.00 - 12.00 Uhr, Zentrallabor, Invalidenstr. 42
Die Vorlesung wird in Abschnitten von den verschiedenen Dozenten gehalten.
Literatur zur Vorlesung
Abschnitt Prof. Leser: Dan Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences", Cambrige University Press
Themen im Einzelnen
(Folien sind hier gegebenenfalls vor der Vorlesung als PDF verfügbar. Änderungen möglich):- 18.10.2004, Prof. Frömmel: Einführung: Sequenz->Struktur->Funktion
- 25.10.2004, Prof. Herzel: Genome
- 01.11.2004, Prof. Herzel: Bernoulli Sequenzen und statistische Unabhängigkeit
- 08.11.2004, Prof. Herzel: Markov-Modelle und Bayes-Formel
- 15.11.2004, Prof. Herzel: Genvorhersage
- 22.11.2004, Dr. Preissner: Funktion und Dynamik von Proteinen
- 29.11.2004, Dr. Preissner: Strukturvorhersage, Homology Modelling
- 06.12.2004, Dr. Preissner: Strukturalignment und in silico Screening
- 13.12.2004, Prof. Leser: Einleitung, Komplexität, Zeichenkettenvergleiche
- Weihnachten / Neujahr
- 03.01.2005, Entfällt.
- 10.01.2005, Prof. Leser: Exaktes Matchen in Zeichenketten: Z-Box Algorithmus
- 17.01.2005, Prof. Leser: Sequenzalignment und dynamisches Programmieren
- 24.01.2005, Prof. Leser: Lokales Alignment; Substitutionsmatrizen
- 25.01.2005, 8-10, Prof. Leser: Entfallen wegen Krankheit
- 31.01.2005, Dr. K. Köpke: Analyse komplexer Genotyp-Phänotyp-Beziehungen I
- 07.02.2005, Dr. K. Köpke: Analyse komplexer Genotyp-Phänotyp-Beziehungen II
- 14.02.2005, Prof. Leser: Substitutionsmatrizen und PAM; Heuristisches Alignment mit BLAST; Multiples Sequenzalignment
- 21.2.2005 - 25.2.2005: Blockpraktikum
- 28.2.2005: Klausur, von 16:00 - 17:30 Uhr in RUD 25, III.113