Bioinformatik für Biophysiker
Vorlesung im Wintersemester 2005 / 2006
Prof. Herzel, Prof. Leser, Dr. Köpke, Dr. Preissner
Prof. Herzel, Prof. Leser, Dr. Köpke, Dr. Preissner
Die zweistündige Vorlesung behandelt grundlegende Fragestellungen moderner Bioinformatik. Sie wird ergänzt um ein Blockpraktikum im Zeitraum vom 20.2.2005 - 24.2.2005 (unmittelbar nach Ende der Vorlesungszeit)am Institut für Informatik. Voraussetzung zum Erhalt eines Scheines ist das Bestehen einer Klausur und die Teilnahme am Praktikum (Siehe auch Material zum Blockpraktikum).
Klausurtermin ist Montag, 27.2.2005 um 13 Uhr, in Adlershof. Der Raum ist Rudower Chassee 25, Haus 3, Raum 113.
Ort / Zeit:
Montag, 10.00 - 12.00 Uhr, Zentrallabor, Invalidenstr. 42
Die Vorlesung wird in Abschnitten von den verschiedenen Dozenten gehalten.
Literatur zur Vorlesung
Abschnitt Prof. Leser: Dan Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences", Cambrige University Press
Themen im Einzelnen
(Folien sind hier gegebenenfalls vor der Vorlesung als PDF verfügbar. Änderungen möglich):- Prof. Herzel: Einführung; Genome
- Prof. Herzel: Bernoulli Sequenzen und statistische Unabhängigkeit
- Prof. Herzel: Markov-Modelle und Bayes-Formel
- Prof. Herzel: Genvorhersage
- Prof. Leser: Einleitung, Sequenzierung und Zeichenketten
- Prof. Leser: Exaktes Stringmatching: Z-Box Algorithmus
- Prof. Leser: Sequenzalignment, approximatives Stringmatching
- Prof. Leser: Dynamische Programmierung, lokales versus globales Alignment
- Prof. Leser: Substitutionsmatrizen PAM und BLOSUM; Nähere Informationen zum Praktikum
- Weihnachten / Neujahr
- Prof. Leser: Heuristisches Alignment mit BLAST
- Dr. Preissner: Funktion und Dynamik von Proteinen
- Dr. Preissner: Strukturvorhersage, Homology Modelling
- Dr. Preissner: Strukturalignment
- Dr. Preissner: In-silico Screening
- Dr. Köpke: Analyse komplexer Genotyp-Phänotyp-Beziehungen I
- Dr. Köpke: Analyse komplexer Genotyp-Phänotyp-Beziehungen II
- 20.2.2005 - 24.2.2005: Blockpraktikum
- 27.2.2005: Klausur