Humboldt-Universität zu Berlin - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Wissensmanagement in der Bioinformatik

Das Blockpraktikum zur Vorlesung Bioinformatik findet im Zeitraum vom 20.02.2006 - 24.02.2006 am Institut für Informatik statt. Ziel des Praktikum ist das in der Vorlesung erworbene Wissen anzuwenden und zu vertiefen. Die vermittelten Konzepte sollen in der Programmiersprache Java umgesetzt werden.

Ort / Zeit:

• Rudower Chaussee 25, III.213 (Computerpool),
  Montag - Donnerstag von 10 - 17.30 Uhr mit Mittagspause
  Freitag 10 - 12 Uhr

Anmeldung

Bitte meldet euch per eMail bis 10.02.2006 unter Angabe von

• Name, Vorname
• Matrikelnummer
• Semester
• Studiengang
• dem Accountnamen an der HU-Informatik, soweit noch ein Account besteht und dessen Status

Solltet ihr keinen Account an der HU-Informatik mehr haben (koennte noch von PI-1/2 uebrig sein), dann meldet euch bitte an unter: http://www.informatik.hu-berlin.de/~rbg/account.html

Vorbereitung zum Praktikum

• Dan Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences", Cambrige University Press
  
• Auffrischung mit einem Online-Kurs (von der HU) http://www.informatik.hu-berlin.de/~pinf1/OnlineKurs/
• Java Tutorial under http://www.dickbaldwin.com/java/

Schein und Klausurtermin

Voraussetzung zum Erhalt eines Scheines ist die Teilnahme am Praktikum.

Die Klausur wird im Anschluß an das Praktikum am Montag, 27.02.2006 um 13 Uhr in Adlershof abgehalten. Der Raum ist Rudower Chaussee 25, Haus 3, Raum 113.

Themen im Einzelnen

• Montag:       Einführung in Java, Kennenlernen der Entwicklungsumgebung 'Eclipse', Naives Stringmatching, Z-Box
• Dienstag:       weiter mit Z-Box, Dotplots
• Mittwoch:      Alignment und dynamische Programmierung
• Donnerstag:   Substitutionsmatrizen, BLAST und Multiple Sequence Alignment
• Freitag:          Suche im WWW