Übung zur Vorlesung Bioinformatik für Biophysiker
Für Studenten des Studiengangs "Theoretische Biophysik und Bioinformatik"
Prof. Leser
Das Blockpraktikum zur Vorlesung Bioinformatik findet Ende Februar am Institut für Informatik statt. Ziel des Praktikum ist das in der Vorlesung erworbene Wissen anzuwenden und zu vertiefen. Die vermittelten Konzepte sollen in der Programmiersprache Java umgesetzt werden.
Ort / Zeit:
- Rudower Chaussee 25, III.213 (Computerpool),
19.02. - 23.02.2007
Montag - Donnerstag von 10 - 17.30 Uhr mit Mittagspause
Freitag 10 - 12 Uhr
Anmeldung
Bitte meldet euch per eMail bis 10.02.2007 unter Angabe von
- Name, Vorname
- Matrikelnummer
- Semester
- Studiengang
- dem Accountnamen an der HU-Informatik, soweit noch ein Account besteht und dessen Status
Solltet ihr keinen Account an der HU-Informatik mehr haben (koennte noch von PI-1/2 uebrig sein), dann meldet euch bitte an unter: http://www2.informatik.hu-berlin.de/rbg/account.html
Vorbereitung zum Praktikum
- Dan Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences",
Cambrige University Press
- Auffrischung mit einem Online-Kurs (von der HU) http://www.informatik.hu-berlin.de/~pinf1/OnlineKurs/
- Java Tutorial unter http://www.dickbaldwin.com/java/
- Sehr gutes Java-Buch (Java ist eine Insel) Online unter http://www.galileocomputing.de/openbook/javainsel5/
Schein und Klausurtermin
Die Teilnahme am Praktikum ist Voraussetzung zur Teilnahme an der Prüfung und damit zum Erhalt des Scheins.
Die Klausur wird am Freitag, 23.02.2007 von 15:00 - 16:30 Uhr in Adlershof, Rudower Chaussee 25, Raum 3.101 abgehalten.
Themen im Einzelnen
- Montag: Einführung in Java, Kennenlernen der Entwicklungsumgebung 'Eclipse', Naives Stringmatching, Z-Box
- Dienstag: weiter mit Z-Box, Dotplots
- Mittwoch: Alignment und dynamische Programmierung
- Donnerstag: Substitutionsmatrizen, BLAST und Multiple Sequence Alignment
- Freitag: Suche im WWW