Übung zu Grundlagen der Bioinformatik
Veranstaltung
Diese Übung begleitet die Vorlesung Grundlagen der Bioinformatik
Erster Übungstermin ist der 1.11.2010. Dieser Termin ist Pflicht für alle Teilnehmer. Unentschuldigtes Nichterscheinen hat den Ausschluss von der Übung zur Folge.
Ablauf
In der Übung müssen typische Aufgaben im Bereich der Bioinformatik gelöst werden. dies umfasst sowohl die Neuimplementierung einfacher Verfahren als auch die Verwendung existierender Tools.
Die Arbeit erfolgt in Gruppen a zwei Studierenden.Jede Gruppe muss alle Aufgaben erfolgreich bearbeitet (aber nicht immer komplett). Die Aufgaben werden an einem Übungstermin ausgegeben, und die Lösungen müssen meist zwei Wochen später von einem der Gruppenmitglieder im Rahmen eines kurzen Vortrags dargestellt werden. In dem Vortrag geht es vor allem darum, gesammelte Erfahrungen an die gesamte Zuhörerschaft zu kommunizieren.
Die einzelnen Aufgaben und Termine
Diese Liste wird ständig aktualisiert. Folien zu den Aufgaben und notwendige Daten werden hier veröffentlicht.- Einführung in die Übung
- 1.11.2010: Erste Aufgabe. Stichwort: Substringsuche. Abgabe: 14.11.2010
- Zu durchsuchende Sequenz; Suchpattern
- 15.11.2010: Zweite Aufgabe. Stichwort: Globales Alignment. Abgabe: 28.11.2010
- Das Sequenzpaar
- 29.11.2010: Dritte Aufgabe. Stichwort: Hierarchisches Clustering. Abgabe: 12.12.2010
- Substitutionsmatrix BLOSUM 80
- 13.12.2010: Vierte Aufgabe. Stichwort: Genexpressionsanalyse mit R. Abgabe: 9.1.2011
- Einführung in R
- Datensätze ...
- 10.1.2011: Fünfte Aufgabe. Stichwort: Analyse von PPI Netzen. Abgabe: 23.1.2011
- 24.1.2011: Sechste Aufgabe. Stichwort: Kinetische Modellierung. Abgabe: 6.2.2011
- 14.2.2010: Keine Übung